La palette du MCD contient huit outils.
Le choix de l'outil désiré se fait en cliquant sur le symbole correspondant dans la palette ; ceci le met en évidence, indiquant ainsi le mode courant, et change la forme du pointeur de la souris.
L'outil choisi peut alors être utilisé en cliquant sur l'espace de travail à l'endroit désiré.
L'outil Texte permet la saisie de textes sur la surface de travail (exemple : un titre).
L'outil Flèche (ou mode sélection) est l'outil sélectionné par défaut. Il est actif lorsqu'aucun autre outil n'est en cours d'utilisation ; il est possible d'y revenir à tout instant en cliquant sur le bouton droit de la souris, ce qui met donc également fin au mode de travail courant.
Il permet notamment la sélection d'objets graphiques dans le dessin, ainsi que le déplacement ou le changement de taille de ces objets.
Les outils Entité sous-type, Entité et Relation servent à créer les dessins des objets correspondants. La création s'effectue à l'endroit cliqué sur l'écran.
L'outil Lien est utilisé pour tracer des liens entre des objets. Le lien est créé lorsque ses deux extrémités sont définies. Le point de départ correspond au premier clic valide, c'est-à-dire effectué sur un objet, tous les clics précédents non valides n'étant pas pris en compte. Le point d'arrivée est défini par un clic valide, c'est-à-dire effectué sur un objet compatible avec l'objet de départ.
Tous les clics non acceptés sont considérés comme des points intermédiaires du lien. Ils correspondent à des clics en dehors d'objets ou sur des objets non valides : par exemple, deux objets de même type ne peuvent pas être reliés ; de même une entité sous-type ne peut être reliée qu'à une seule entité. Lorsque les extrémités sont validées, le lien est alors tracé entre les deux objets reliés, soit directement d'un seul trait, soit par une ligne brisée passant par tous les points intermédiaires.
Le lien en cours de création peut être annulé en appuyant sur la touche Echap ou en effectuant un clic avec le bouton droit de la souris (ce qui invalide le mode création de lien).
Les outils Zoom Avant et Zoom Arrière permettent d'agrandir ou de réduire une partie de l'écran, les zooms étant centrés autour de l'endroit cliqué.