Le mode sélection est le mode de travail par défaut correspondant à l'outil Flèche 
. Il est possible à tout moment de revenir à ce mode en sélectionnant cet outil ou en cliquant sur le bouton droit de la souris.
Sélectionner un objet graphique
Un clic sur un objet (ou un lien) permet de sélectionner ce dernier ; cette sélection est marquée par l'apparition des carrés de sélection (poignées) aux coins de l'objet et sur les côtés.
Un double clic ouvre une boîte de dialogue.
Cette boîte de dialogue permet, selon les cas, de créer la description de l'objet ou du lien (les champs sont alors à blanc), de la modifier, ou tout simplement de la visualiser.
Sélection simple
Un clic unique sur un objet effectue une sélection simple : tous les objets précédemment sélectionnés (identifiés par des carrés de sélection) ne le sont plus.
Sélection multiple
Il est possible de sélectionner plusieurs objets en maintenant la touche Ctrl appuyée, et en cliquant successivement sur les différents objets à sélectionner.
Sélection en rectangle
Il est également possible de sélectionner tous les objets contenus dans une zone de l'espace de travail en cliquant (avec le bouton gauche) sur le fond de la fenêtre et en déplaçant la souris tout en maintenant le bouton gauche appuyé : un rectangle se dessine alors jusqu'au moment où le bouton de la souris est relâché. Tous les objets entièrement inclus dans ce rectangle sont sélectionnés simultanément.
Sélection totale
L'option Tout sélectionner du menu Edition permet de sélectionner tous les objets simultanément.
Désélection
Un clic sur le fond du modèle (en dehors de tout objet) désélectionne tous les objets.